Если вы не желаете, чтобы при входе на сайт у пользователя спрашивали логин-пароль (HTTP авторизация), то сделайте следующее:
остановите агент (кликните правой кнопкой мыши по иконке 1С:Линк агента, вызвав контекстное меню, выберите "Выход")
откройте папку, куда был установлен 1С:Линк, и удалите файл <Папка 1С:Линк>\1c-web\conf\apache.psw (откройте папку 1c-web, далее папку conf и в ней удалите apache.psw)
запустите мастер, из него запустите агент 1С:Линк